Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) STP St. Petrus Keuskupan Atambua adalah organisasi kemahasiswaan di STP St. Petrus Keuskupan Atambua yang menjadi wadah dan sarana untuk merencanakan, melaksanakan dan mengembangkan diri mahasiswa secara terorganisasi dan terpadu dalam bidang penalaran, penelitian, pengabdian masyarakat, minat, bakat dan kesejahteraan mahasiswa di STP St. Petrus Keuskupan Atambua. Tugas dan tanggung jawab Badan Eksekutif Mahasiswa STP St. Petrus Keuskupan Atambua adalah sebagai berikut:
- Menyusun garis besar program kegiatan mahasiswa selama satu tahun.
- Mengajukan usulan program kegiatan dan pembiayaan kepada Dewan Perwakilan Mahasiswa.
- Melaksanakan program-program kegiatan kemahasiswaan.
- Menampung kritik dan keluhan mahasiswa di bidang kegiatan mahasiswa baik dalam forum rapat terbuka maupun secara perorangan.
- Mengadakan rapat bersama Dewan Perwakilan Mahasiswa guna membicarakan masalah yang menyangkut kepentingan kegiatan mahasiswa.
- Menghadiri rapat Dewan Perwakilan Mahasiswa.
- Mempertanggungjawabkan penggunaan keuangan organisasi kepada Dewan Perwakilan Mahasiswa dan Wakil Ketua III.
- Membuat laporan pertanggungjawaban seluruh kegiatan pada akhir masa jabatan dalam rapat umum terbuka antara BEM, DPM, Pimpinan STP St. Petrus Keuskupan Atambua dan para mahasiswa.
Pada prinsipnya setiap mahasiswa aktif STP St. Petrus Keuskupan Atambuamemiliki hak untuk memilih dan dicalonkan sebagai ketua maupun pengurus BEM. Pemilihan BEM dilakukan sesuai dengan mekanisme dan peraturan yang ditetapkan oleh Dewan Perwakilan Mahasiswa bersama Wakil Ketua III bidang kemahasiswaan. Sistem pemilihan Ketua/Wakil Ketua BEM diselenggarakan melalui pemilihan langsung oleh mahasiswa dengan prinsip langsung, bebas, rahasia, jujur dan adil. Nantinya ketua dan wakil ketua BEM terpilih memiliki hak prerogatif untuk meentukan susunan pengurus Badan Eksekutif Mahasiswa di bawahnya.
Pengesahan dan pelantikan pengurus BEM dilakukan oleh Ketua STP St. Petrus Keuskupan Atambua. Masa jabatan anggota BEM untuk 1 (satu) satu periode adalah selama 1 (satu) tahun. Keanggotaan pengurus BEM dapat berakhir apabila:
- Mengundurkan diri dari kepengurusan.
- Diberhentikan oleh Wakil Ketua III atas dasar pertimbangan Dewan Perwakilan Mahasiswa dengan alasan yang dapat dipertanggungjawabkan.
- Kehilangan statusnya sebagai mahasiswa aktif STP St. Petrus Keuskupan Atambuadikarenakan: lulus, dikeluarkan/drop out, mengundurkan diri sebagai mahasiswa, mutasi/pindah studi ke perguruan tinggi lain atau meninggal dunia.